Это равнозначные способы, потому что, когда вы удаляете через панель управления, то просто вызывается uninstall программы. Но проще удалять через панель управления, потому что не всегда очевидно расположение uninstall и, кроме того, если uninstall не будет найден, то реестр будет очищен автоматически.
Есть отличная программа для удаления программ Unnistall Tool. 100 % удалит программу и все следы ее активности, даже если файла unnistall.exe не было вообще.
Ссылка на репак для пиратов :)