Как лучше называть файлы при сохранении, чтобы потом не запутаться в них?

Давайте файлам имена, отражающее суть того, что в них содержится. В начальных классах было такое упражнение: озаглавьте текст :)

Используйте папки, если создаёте много файлов. В папке можно хранить вспомогательные файлы, предыдущие версии, разные варианты, цветовые решения, ТЗ, шрифты, материалы клиента, и так далее. 

Я работаю с баннерами. У меня баннеры для нескольких клиентов, с которыми я сотрудничаю, соответственно папки по клиентам. Внутри папки с названиями компаний/сайтов, для которых баннеры. Внутри папки либо с датами (чаще просто месяц и год, например 08.2016). Либо, если есть, названием рекламной кампании. Внутри у меня обычно баннеры для Гугла и для Яндекса, соответственно и папки. Далее внутри файлы, например с названием сайта и припиской размера (у меня много ресайзов разных размеров), или просто с размером. Либо сейчас при переходе на html5 отдельные папки по каждому размеру баннеров, а внутри уже файлы, потому что файлов уже несколько, и сваливать все размеры в кучу не так удобно. То есть, чем больше у вас файлов, тем больше нужно папок.  Если вы делаете макет сайта, называйте файлы или папки именем сайта. Лучше именем сайта назвать папку, а внутри создать файлы со страницами: главная, поиск, внутренняя и так далее. Если это рисунки, то "озаглавьте текст". Если рисунков много, сортируйте по тематике, или по датам.

Если вы взялись за порядок в своих файлах, что очень замечательно, называйте так же слои. Можете создавать папки слоёв, чтобы сохранить структуру, внутри папки можете оставить хаос, если вам лень называть большое количество слоёв. Папки могут быть такими как header, footer, кнопка и т.п., если это, к примеру, сайт. Если вы будете работать в команде, и не только вы будете пользоваться этим psd, поверьте, верстальщик или аниматор скажут вам спасибо. Или, как минимум, не будут вас проклинать :))