Очень просто. К словам, оканчивающиеся ером (твёрдым знаком, сейчас такие слова заканчиваются согласной буквой) применяли местоимение онъ, буквой о — оно, буквой а — она. Всё логично. Местоимения он и она, стали применять соответственно к мужчинам и женщинам. Потом уже, когда стали изучать и систематизировать языковые нормы и правила, это явление назвали «род». Примерно так же поступали в других языках. И те слова, которые мы относим к одному роду в других языках относятся совсем к другому. Например в русском языке корабль «он», то в английском «она» (даже с учётом того, что все неодушевлённые предметы относятся к среднему роду).