Во первых, они анализировали открытия, сделанные до них. Так, часть цикла Кребса была открыта Сент-Дьерди.
А потом стали доступны тяжёлый изотоп углерода 13C и радиоактивные изотопы 11C и 14C, они были использованы для того, чтобы проследить путь атомов углерода в цикле Кребса. Но и этого было мало - если бы так можно было проследить все реакции, то Кребсу бы не дали Нобеля. Не всё можно было поставить на опыте, поэтому ставились догадки. На каких-то этапах они проверялись не только Кребсом и соавторами, но и его современниками. Да и Кребс всю жизнь интересовался вот этими промежуточными продуктами в ходе различных реакций.
P.S. Если вас спросят, знаете ли вы цикл Кребса, уточните - а какой именно? Он открыл два разных цикла Кребса.