Система таможенных органов является 4х уровневой и определена Федеральным законом № 289-ФЗ от 3 августа 2018 года. Система управления организована на основе действующего законодательства России, а так же в соответствии с Положением о ФТС России и Общих положениях о таможенных органах, а так же внутренних нормативно-правовых и правовых актах таможенных органов.
Система в таком виде действует с самого ее основания в течении 30 лет и, по имеющейся информации, какие-либо изменения структуры не предполагаются