Домен 3-го уровня в Яндекс вебмастер добавляем как обычный новый сайт. Родительский домен на это никак не влияет.
Будут небольшие неудобства в другом: нельзя посмотреть отзывы на поддомен — Яндекс отвечает, что отзывы в отчете для основного домена, то есть родительский тоже придется добавить (отключить переадресацию для подтверждения).
В том-то и дело, что Яндекс выкинул из поиска сайт на домене 3-го уровня с формулировкой "На родительском домене... Читать дальше