Сильно подозреваю, что тупо механически в порядке сдачи, а при закрытии номера поступают в общую очередь. Хотя логчинее не в порядке сдачи, а в порядке утверждения -- т.е. решили, что тут будет школа, дали ей номер, и далее он фигурирует во всей документации
Гимназии все начинаются с двойки;
Школы с английским уклоном всегда носят трехзначный номер;
Математические учебные заведения нумеруются начиная с пятерки.
После идёт номер порядка школы школы, но в каждом городе порядок нумерации свой.