Любое коммерческое предприятие создается с целью извлечения прибыли. С этой прибыли налоговики рассчитывают налоги. Если фирма работает в убыток, вызовут на комиссию и потребуют объяснений, по какой причине получены убытки. Если Вы сможете пояснить причины, например, фирма открылась месяц назад и еще не заработала в полную мощь, санкций не последует. Если пояснить не получится и налоговики решат, что прибыль занижена умышленно, вероятнее всего будет внеплановая проверка.
Потребует объяснение, укажет на сомнительных контрагентов, вызовут на комиссию по легализации и тому подобное. В целом зависит от рода деятельности и применяемых схем оптимизации Налогообложения.