Я не думаю, что в этом смысле воспитание в атеистической семье должно так уж сильно отличаться от воспитания в семье верующей. И тем, и другим родителям следует относиться к своему ребенку с уважением, прививать ему навыки логического и критического мышления, объяснять правила поведения в социуме, учить тому, как общаться со сверстниками, развивать его творческие таланты и поощрять задавать много вопросов, пусть даже не очень умных. В любом случае, в подростковом возрасте ребенок захочет переосмыслить всё самостоятельно и выстроить свою собственную картину мира. Если к тому времени он сохранит доверие к родителям как к друзьям, то есть шанс, что он разделит и их убеждения по вопросу отношения к религии (если, конечно, в этом состояла их цель).
Вы и сюда религию впихнули. Кажется, ваш уровень фанатизма просто зашкаливает.
Шикарный ответ, никак не отвечающий на вопрос
Сначала научи ребенка критически относиться к поступающей информации, и думать своей головой, а потом можешь предложить свою картину мира, и не опасаться того, что это также будут делать другие люди.