Звук - это волны плотности и давления в среде. Для того чтобы осмысленно говорить о звуке, атомов и молекул должно быть очень много, чтобы вместе они образовывали квазинепрерывную среду.
Молекула сама по себе может колебаться, может излучать электромагнитные волны. Но называть что-либо из этого звуком - очень неправильное использование определений.
Достаточно быстрая частица (элементарная, атом, молекула) попав в достаточно плохую среду обязательно издаст звук