Аудитория Яндекса считается более дорогой и теплой.
Аудитория Google - дешевле и холоднее.
Разные алгоритмы работы.
Разные подходы к продвижению.
Разное качество информации.
Разный доход для вебмастера...
В философию ударяться мы не будем и рассуждать о критериях сравнения, но каждый предприниматель ответит, что лучше та поисковая система, которая приносит ему больше денег.