Предупреждаю, я сам НЕ специалист в миграционном праве, но попробую ответить, опираясь на законы.
Для начала, давайте определимся с понятиями.
Миграционная карта - документ, содержащий сведения о въезжающих или прибывших в Российскую Федерацию иностранном гражданине или лице без гражданства и о сроке их временного пребывания в Российской Федерации, подтверждающий право иностранного гражданина или лица без гражданства, прибывших в Российскую Федерацию в порядке, не требующем получения визы, на временное пребывание в Российской Федерации, а также служащий для контроля за временным пребыванием в Российской Федерации иностранного гражданина или лица без гражданства (ст.2 ФЗ "О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации"http://base.consultant.ru/cons/cgi/online.cgi?req=doc;base=LAW;n=191888)
Правила использования миграционной картой установлены Правительством Российской Федерации (Ссылка: http://base.consultant.ru/cons/cgi/online.cgi?req=doc;base=LAW;n=60111)
Там, в частности п.10 гласит: миграционная карта находится у иностранного гражданина в течение срока его пребывания в Российской Федерации.
В соответствии с п.9 Правил в случае принятия в установленном порядке решения об изменении (продлении, сокращении) срока временного пребывания иностранного гражданина в Российской Федерации федеральный орган исполнительной власти, ведающий вопросами иностранных дел, либо территориальный орган федерального органа исполнительной власти, ведающего вопросами внутренних дел, проставляет в миграционной карте отметку об изменении срока временного пребывания иностранного гражданина в Российской Федерации.
Если приказ издал университет, логично предположить, что это был приказ ректора (директора) или коллегиального органа управления университетом, положения о которых установлены ст.26 ФЗ "Об образовании в Российской Федерации" (ссылка: http://base.consultant.ru/cons/cgi/online.cgi?req=doc;base=LAW;n=194773)
А компетенция образовательного учреждения устанавливается ст.28 вышеуказанного закона. Так вот, если коротко: никаких компетенций в сфере миграции у образовательных учреждений НЕТ.
Поэтому вам логично послать университет куда подальше, по крайней мере, потребуйте письменного ответа от ректората. В своём требовании укажите ссылки на указанные мной нормативные акты.
Удачи вам!
Пс. Блин, тут почему-то гиперлинки сразу не отображаются. Даже не знаю, как тут их в нормальный вид привести.