Правонарушения, связанные с гимном РФ, отмечены в статье 17. 10 КОАП РФ. Она не предусматривает ответственности за отказ встать при исполнении гимна РФ. Соответственно, школьник не должен быть привлечен к ответственности за то, что не считается правонарушением для взрослых. Недавно произошел интересный инцидент, по итогам которого видно, что законно наказать сидящих при исполнении гимна сейчас нельзя, чиновникам приходится прибегать к иным мерам https://vz.ru/news/2018/5/24/924407.html
К сожалению градус "ура-патриотизма" нынче настолько зашкаливает, что возможны меры незаконного воздействия на такого школьника. Кстати, недавно вышла моя статья об экспертизе школьных учебников, в которой на материале подлинников свежих экспертных заключений Российской академии образования показано, что творится в головах деятелей российской цензуры. Коротко: это идеологический ад http://vestnikburi.com/amputatsiya-myisli-o-sovremennyih-rossiyskih-uchebnikah/