Здравствуйте!
Теоретически не имет права, так как оценка ставится за качество работы. Часто, учителя нарушают это правило снижая ученику оценку и практически мы встречаем ситуации:
В каком виде ученик сдает свои работы он показывает свое отношение к учителю, учебному предмету, свою аккуратность и опрятность.
Согласитесь, неприятно держать в руках грязный и помятный листок. Это я не про вас, а вообще, про ситуации.
В вашем случае, чисто моральный аспект "Я - учитель и мне не нравится что ты сдал работу на листке, поэтому ... "