Выплаты контрактникам осуществляются на основании договора о найме/поднайме жилого помещения, в котором указан наниматель. Если он только один (муж в нашем случае), то формально его жена не является нанимательницей (съёмщицей) квартиры и выплата ей не положена.
Другое дело, если в договоре в качестве нанимателей указаны оба военнослужащих.