Здравствуйте.
Для ответа на ваш вопрос необходимо более подробно расписать, что вы понимаете под "разграничены работы по одному лоту".
В общем случае Заказчик не может отклонить заявку за наличие каких-либо нарушений или нестыковок в учредительных документах, если они не влекут недостоверных представленных в заявке требований.