Совсем необязательно, что сказавший эту фразу - верующий. Просто подобные выражения вошли в повседневную речь, и произносятся автоматически.
Большинство людей этой фразой не воздаёт хвалу Богу, а всего лишь даёт позитивную окраску событию.
Так же и "спасибо" выражает банальную благодарность человеку, а не просьбу "Спаси Боже".
Нет, это всего лишь поведенческая привычка, унаследованная от предыдущих поколений, как правило, присущая людям с низким интеллектом, не привыкшим думать о том, что они говорят.