Идут отчисления в пенсионный фонд и налоговую (НДФЛ), если сотрудник устроен по договору присоединения, Ст. 428 ГК РФ?

Если это нетрудовой договор по природе и если в нём не оговорена обязанность "работодателя" самостоятельно уплачивать налоги и взносы, то обязанность по уведомлению налоговой, исчислению и уплате лежит на самом сотруднике.