Слово "хер", вплоть постреволюционной реформы орфографии, было названием кириллической буквы х в азбуке. Таким образом, раньше это слово матом не являлось, а использовалось как эвфемизм для другого слова, также начинавшегося на "х" - подобно современным "блин" и "фэ". С исчезновением слова "хер" из повседневного лексикона, оно постепенно стало терять свой изначальный смысл, и на первый план стало выходить некогда вторичное обсценное значение. В настоящее время последнее настолько закрепилось за "хером" в языке, что люди уже задаются вопросами, подобными вашему.