Вы, видимо, имели в виду первоначальный взнос. Ипотеку вам могут и одобрить, но.. вам может пенсионный фонд отказать потом в перечислении МСК, так там отказывают в перечислении средств МСК по сделкам между близкими родственниками, а тем более здесь, где обе стороны получатели МСК.
Попробуйте поговорить с ПФР по горячей линии мат. капитала в своем регионе, чтобы убедиться, а то может случиться ситуация, когда банк пропустит и одобрит, вы сделку проведете, а потом подадите документы на перечисление и будет отказ.
Вы должны помнить, что вся квартира идет в ипотеку, при этом оценка тоже будет делаться на всю квартиру. Но сумма ипотеки будет дана только на долю, и первоначальный взнос тоже от этого и рассчитают.