Размер алиментов устанавливается судом или соглашением. И от этой суммы платежи взыскиваются со всех видов дохода (перечень установлен Постановлением Правительства № 841 от 18.07.1996 г.).
То есть весь ваш официальный заработок суммируется. С него вычитаются налоги. С оставшейся суммы вы платите алименты.
Алименты из зарплаты продолжит удерживать ваш работодатель. Что касается уплаты алиментов с доходов самозанятого, то тут 2 варианта:
О порядке начисления алиментных выплат читайте здесь.