Я тоже сталкивалась с подобной ситуацией. Как мне объяснили, отсчет начинается с момента регистрации прав на квартиру. Учтите, что если они были зарегистрированы после 1 января 2016 года, то для прекращения необходимости уплачивать налог, потребуется 5 лет, а не 3 года.