Я дорабатываю вахту два месяца в конце августа, сидел на карантине 14 дней, начальство говорит, что эти дни не входят в вахту. Они правы?

Дни карантина должны засчитываться как время нахождения в пути. При этом каждый день изоляции должен оплачиваться не ниже дневной тарифной ставки или дневной ставки оклада.Более подробно можно почитать в Постановлении Правительства РФ от 28.04.2020 № 601, утвердившего Временные правила работы вахтовым методом, которые применяются с 29 апреля 2020 года по 31 декабря 2020 года.