Род - это согласовательный класс. В китайском, к примеру, согласовательные классы обеспечивают использование счетных слов при числительных иге - это один перед многими словами, но не всеми: перед названием шапки нужно другое, перед словами "часы, ремень, собака, змея" - третье, а для стола, бумаги - четвертое. Как видите, связь слова со значением существительного есть. но непрочная. (О других согласовательных классах можно прочитать в книге Дж. Лакоффа "Огонь, женщины и другие опасные вещи"). В индоевропейских языках три рода были связаны со значениями одушевленных существительных (и некоторые считают, что для неодушевленных такое значение придавалось благодаря вере, что у вещей тоже есть души). Роды были связаны со словоизменительными классами (склонениями), но их было больше - пять.
А почему что-то в грамматике появляется и исчезает - тайна сия велика есть. Общая идея - для обеспечения понятности, в нашем случае - для облегчения установления связей.в предложении. Кстати, индоевропейского языка, где нет рода, я не знаю, но во многих их число сократилось до двух. А вот в алтайских - в тюркских, к примеру - его нет. Но там легко вычленяются служебные морфемы, например, множественное всегда обозначается аффиксом лар, возможно, установление связей полегче и без дополнительных согласовательных классов.