Глеб,
оба указанных вами ВУЗа славятся подготовкой хороших программистов.
В данной статье видно, что и в различных рейтингах они занимают похожие позиции.
Чтобы выбор был более предметный и осознанный, нужно подробнее изучить факультеты, кафедры и их программы. А также рассмотреть другие менее очевидные параметры - преподавательский состав, отзывы бывших студентов, технологическая база, сотрудничество с предприятиями и научными подразделениями.