"Фаза глубокого сна" - это просмотр сновидения, она и не может составлять бОльший процент. Причин утренней усталости может быть множество: неправильно оборудованное спальное место, духота в комнате, отсутствие значительных физических нагрузок в течение дня, в т.ч. даже вечерней медленной прогулки на свежем воздухе, ужин перед сном, неудобная пижама, посторонние шумы, эмоциональное напряжение, ставшее хроническим.
Попробуйте значительно пересмотреть ваши вечерние ритуалы. Быть может, стоит именно перед сном полежать в теплой ванне, выпить теплого молока (только после этого надо обязательно почистить зубы) и т.п. Измените ритуалы, понаблюдайте за собой в течение 1-2 месяцев, не нужно ждать мгновенных результатов. Также не помешает обычное стандартное медицинское обследование, начиная в общего анализа крови.
В целом: проблема не во сне, как таковом, а в том, как вы проводите день и вечер.