Не совсем. APK -это пакет, то есть контейнер, содержащий исполняемый код и все необходимые для работы приложения ресурсы. Можно сказать, что это нечто среднее, между собственно "исполняемым файлом" и установочным пакетом. APK-файл это по сути zip файл с различными файлами внутри - библиотеками, картинками, и собственно, исполняймым файлом программы.
EXE - это в первую очередь бинарный файл, предназначенный для загрузки в память и исполнения. Он может содержать ресурсы(например, иконки), но это не его основная задача.