Эволюционируют виды, но вектора эволюции определяются состоянием биоценозов и экосистем. В стабильной экосистеме виды эволюционируют в направлении всё большей специализации с минимальными отличиями между родственными видами. В стабильных экосистемах видоспецифичные вирусы (или иные патогены) могут быть единственным фактором, который разводит близкие виды по разным экологическим нишам, снижая численность этих видов ниже уровня конкуренции за общий лимитирующий ресурс, – иначе один вид вытеснил бы другой. В разрушенных экосистемах во время кризисов и после массовых вымираний освобождается множество экологических ниш, и даже родственные виды могут быстро эволюционировать в направлении максимальной непохожести.
Предположительно, вирусы существуют ещё со времён доклеточных форм жизни (например, по мнению Евгения Кунина), потому что появление репликаторов автоматически ведёт к появлению паразитизма. Эволюционные симуляторы демонстрируют, что существование репликаторов не-паразитов и паразитов в едином пространстве ведёт к коллапсу системы. Но после компартментализации (разделения групп репликаторов на конкурирующие ячейки/клетки) конкуренция паразит/хозяин ведёт не к коллапсу системы, а запускает эволюцию с ростом сложности.
Вирусы не играют почти никакой роли в межвидовом обмене генов между амфимиктическими многоклеточными организмами (межвидовой обмен генов у абсолютного большинства многоклеточных видов случается очень редко), т.к. горизонтальный перенос генов естественными вирусными векторами крайне маловероятен для таких видов (за исключением переноса генов самих вирусов, которые могут встраиваться и фиксироваться в геномах многоклеточных организмов).