Баланс Яндекс.Кошелька и виртуальной Яндекс карты должны совпадать, они сами об этом пишут. Возможно, какая-то операция всё ещё находится в статусе Обработки, поэтому суммы отличаются. Если такого не было, то задайте вопрос в поддержку
Перейдите в кошелёк, затем в Помощь - > Банковские карты -> Виртуальная карта, в самом низу "Что делать, если нужна помощь"