У крокодильего молодняка - полно, начиная от больших хищных рыб, околоводных птиц (например, цапель) и варанов, заканчивая их более старшими сородичами. Если говорить о взрослых особях, то это зависит от вида крокодила и его индивидуальных размеров.
В силу маленьких размеров (длина редко когда превышает 2.5 метра), физической уязвимости и покладистого характера, у кайманов одноименного рода Caiman (кроме, возможно, широконосого каймана) в природе имеется очень много естественных врагов: на них регулярно охотятся пумы, ягуары, крокодилы, черные кайманы, анаконды, гигантские выдры и иногда даже заплывающие в крупные речные системы тупорылые акулы. Возможно, примерно такому же риску подвергаются и еще менее крупные, но несколько более агрессивные и "прочные" тупорылые крокодилы (их ожидаемые враги - леопарды, иероглифовые питоны, нильские вараны, нильские крокодилы, пустынные и африканские узкорылые крокодилы) в центральных частях Африки и гладколобые кайманы (потенциально для них опасны те же хищники, что и для представителей рода Caiman) в джунглях Южной Америки. Но учитывая скрытный и более наземный образ жизни этих видов, смертность этих маленьких крокодилов в результате межвидового хищничества скорее всего значительно ниже, чем у кайманов. Крокодилы Джонстона могут стать жертвой акул, динго, гигантских или пестрых варанов и больших питонов, но особо-крупных представителей этого вида в дикой природе могут съесть, пожалуй, только взрослые гребнистые крокодилы.
Крупные виды крокодилов во взрослом состоянии не имеют естественных врагов, за исключением более крупных крокодилов (в том числе особей своего вида) и человека. Но молодые особи, отдалившиеся от воды, иногда могут стать жертвой крупных наземных хищников, таких как большие кошки. В отдельных случаях и взрослые крокодилы бывают убиты другими хищниками (ровно как и наоборот), ведь конфликты находящихся на вершине пищевой цепи суперхищников порой все таки могут иметь место быть.
В Центральной Америке было зафиксировано удачное нападение ягуара на 2.5 метрового молодого острорылого крокодила, а во Флориде самец пумы убил взрослого миссисипского аллигатора длиной примерно 2.7 метров. Возможно, эти кошки могут быть опасны для молодых или небольших взрослых центральноамериканских крокодилов, но на данный момент ничего подобного зафиксировано не было. На молодых болотных крокодилов иногда могут нападать бенгальские тигры, в одном случае тигрица Мачли, защищая своих тигрят, убила взрослого примерно 3.5 метрового самца болотного крокодила в жестокой борьбе, длившейся несколько часов. Взрослые нильские крокодилы, длиной по меньшей мере до 3.5 метров, иногда бывали убиты львами при попытках отнять у них добычу или (реже) в хищнических целях, а меньшие по размерам особи - гиенами и леопардами. Иногда крокодилы гибнут, нападая на таких крупных травоядных животных, как слоны или бегемоты. Известно, что слоны недолюбливают крокодилов и порой могут намеренно атаковать их, повстречав на суше или на берегу.
Но все таки чаще всего (после хозяйственной деятельности человека) крокодилы крупных видов погибают не при нападениях на слишком крупную добычу, и не при конфликтах с другими высшими хищниками за еду, а при прямом хищничестве со стороны более крупных крокодилов или агрессивном социальном взаимодействии с сородичами. Африканские узкорылые крокодилы и пустынные крокодилы скорее всего могут становиться жертвами более крупных и агрессивных нильских крокодилов, хотя в силу отдаленности их мест обитания это еще не доказано. Зато каннибализм у нильских крокодилов описан очень хорошо: останки меньших сородичей в желудках нильских крокодилов встречаются чаще, чем останки иероглифовых питонов, но несколько реже, чем останки больших пресноводных черепах. Гребнистые крокодилы крайне территориальны и самцы очень часто (даже по сравнению с другими настоящими крокодилами, которые в целом очень агрессивны) убивают друг-друга в жестоких территориальных боях. Самки гребнистых крокодилов точно также дерутся друг с другом (а самцы их, разумеется, не трогают), но все таки не так жестоко. По этой же причине гребнистые крокодилы представляют огромную опасность для любых других крокодилов (болотных крокодилов, сиамских крокодилов, филиппинских крокодилов, новогвинейских крокодилов и ложных гавиалов), с которыми они пересекаются в природе. Однако, большинство крокодилов приспособлены для передвижения по суши намного лучше гребнистых крокодилов (обладающих, к слову,очень короткими конечностями), и поэтому более слабые виды обычно стараются занимать изолированные от крупных речных систем водоемы, недоступные для гребнистых крокодилов. Острорылые крокодилы иногда нападают на миссисипских аллигаторов, и существуют данные о том, что они ограничивают расселение центральноамериканских крокодилов в солоноватых водах (любопытно, но в Мексике наблюдается несколько иная картина: инвазивные центральноамериканские крокодилы, сбежавшие с ферм, оттесняют острорылых крокодилов из пресных водоемов). Кубинские крокодилы, напротив, всегда доминируют над острорылыми крокодилами, и в одном случае кубинский крокодил преследовал и серьезно ранил острорылого крокодила в 8 раз тяжелее себя. Наконец, вполне возможно что болотные крокодилы представляют опасность для гангских гавиалов. Как взаимодействуют ложные гавиалы и сиамские крокодилы неизвестно.
Ягуары и якарские кайманы (якарские кайманы составляют до 25-50% диеты ягуаров в Пантанале):
www.youtube.com/embed/eu1by5-BpTA?wmode=opaque
www.youtube.com/embed/tyoOw8TTyIE?wmode=opaque
www.youtube.com/embed/65jcF_rHwXg?wmode=opaque
www.youtube.com/embed/Qn5JYrkcM7Q?wmode=opaque
Тигрица Мачли и болотный крокодил:
www.youtube.com/embed/8Wi5mR-kWM8?wmode=opaque
Лев ест нильского крокодила, длиной где-то 3 метра:
www.youtube.com/embed/0wvVhm0-_nU?wmode=opaque
Бегемоты напали на ~3-метрового нильского крокодила (более крупным обычно удается отбиться):
www.youtube.com/embed/QzjHbgB_wlI?wmode=opaque
Леопард ест подростка нильского крокодила:
www.youtube.com/embed/watch?wmode=opaque
Гигантские выдры и молодой черный кайман:
www.youtube.com/embed/01iWx4476pY?wmode=opaque
Анаконды и крокодиловые кайманы:
www.youtube.com/embed/9RBpQFL-_AY?wmode=opaque
www.youtube.com/embed/fslMR4we098?wmode=opaque
Анаконда и якарский кайман:
www.youtube.com/embed/RH9NbSZlCdo?wmode=opaque
Драка гребнистых крокодилов насмерть:
www.youtube.com/embed/eFPxz8lfW5w?wmode=opaque
Острорылый крокодил и крокодиловый кайман:
www.youtube.com/embed/xCMZGjLSSYo?wmode=opaque
Оринокский крокодил и крокодиловый кайман:
www.youtube.com/embed/no4NsuxHrQU?wmode=opaque
Черный кайман и крокодиловый кайман:
Гребнистые крокодилы и Австралийские узкорылые крокодилы:
www.youtube.com/embed/EdhREnCjDN8?wmode=opaque
www.youtube.com/embed/CCTDwY6ZmsQ?wmode=opaque
А патогенные микроорганизмы не входят в число их естественных врагов?
Хоть крокодил и очень опасен, но врагов у него хватает. Как известно:
• Млекопитающие (бегемоты, львы, тигры, слоны, гиены).
• Крупнейшие рыбы (акулы и так далее).
У крокодилов самый большой враг, эточеловек.