Да такой риск существует всегда, поэтому на официальном сайте разработчики рекомендуют перед обновлением сохранять свои личные данные, тем более если вы не разбивали диск и вся корневая система находятся на одном разделе. Можно воспользоваться предустановленными консольными утилитами и с их помощью выполнить бэкап необходимых данных, к этим утилитам относятся tar, dd, cp, rsync. Также можно воспользоваться для бекапа разделов или диска целиком Сlonezilla.