У нас в ИНЭОС РАН работают люди с Химфака и Физфака МГУ, много людей из РХТУ, особенно на полимерном отделении, и немного есть из МИТХТ (правда среди них наш директор). Если оценивать образование по научной эрудиции и успешности в научной работе, то наверно круче всего будут выпускники ВХК РАН. Это колледж в составе РХТУ, но у которого часть занятий проходит там, часть в МГУ, и эти люди с самого начала обучения работают в лабораториях РАНовских институтов.
Я сам учился не в ВХК, а просто в РХТУ, на отделении бакалавриата и магистратуры, и специализация у меня была на кафедре Тонкого Органического Синтеза. В целом, если сравнивать РХТУ и МГУ, РХТУ дает более инженерное образование, и тут уже вопрос в том, насколько оно понадобится человеку или нет.