Mikael, буквально сегодня уже отвечала на похожий вопрос.
Принципиальное отличие в том, в какую валюту конвертируется оплата. Mastercard — это европейская платёжная система, а Visa — американская. Соответственно, первая за базовую валюту принимает евро, а вторая — доллар. В зависимости от того, куда едете, выгоднее пользоваться той или иной картой. А если у вас рублёвый счёт и вы совершаете покупки в рублях, то платёжная система не имеет значения.