Если оплата услуг самозанятого разбита на два этапа (то есть имеется предоплата), то чек в приложении Мой Налог тоже нужно выдавать дважды?

Каждый раз при получении денежных средств нужно выдавать чек.

Если вдруг произойдет ситуация, что нужно вернуть предоплату, то необходимо аннулировать и произойдет перерасчет налога.