Если мотивация появляется только ночью, можно ли заниматься делами именно в это время суток?

Скорее всего не совсем мотивация появляется, а легкость и отсутствие тех или иных барьеров. Например, часто бывает что вечером и даже ночью появляется прилив сил и стремление что-то с этими силами сделать (разрядить, вложить во что-то). Поэтому нужно понимать о каких делах вы говорите - если это то что приносит удовольствие, сублимационную разрядку, то можно, НО за 1 час до сна стараться переключаться на режим «отпустить». Дополнительно попробуйте разобраться почему прилив сил (как вы говорите мотивация) появляется ночью? Так было всегда? Есть ли цикличность? Каждый ли это день?