Наверно стоит поправить систематизацию в самом вопросе, чтобы автор не запутывал сам себя - молекулы состоят из атомов, ионы - это ионизированные (положительно или отрицательно заряженные) молекулы или атомы.
Таким образом мир состоит из атомов. Из которых получаются молекулы и ионы. Это нам известно со времён Аристотеля и систематизировано Менделеевым.
Причём люди уже очень неплохо научились "контролировать" и "управлять" ими, синтезирую разные вещества и материалы и, можно сказать, механически создавая из атомов структуры, например, для микроэлектроники - ваши мобильные телефоны, компьютеры, телевизоры и т.п.
Технология изготовления транзистора с 5-нанометровым затвором (это размер, в котором умещаются всего 10 атомов кремния) для iPhone 12:
Более того, атомы тоже состоят из элементарных частиц, которые человек научился использовать и отчасти управлять ими.