Продажи двух разных объектов недвижимости в смысле налогообложения никак между собой не связаны.
По квартире, которой владеете 20 лет, налога не будет: достаточно и 5 лет в любом случае.
По квартире, которую получили в наследство срок, когда от налога продавец освобождается – 3 года. Если ждать не будете, то можете уменьшить налог, отняв для определения налогооблагаемой базы от цены по договору 1 млн руб. налог будет с остатка. Если квартира будет продана за 1 млн или менее, то налог уменьшится до ноля. Правда, если цена по договору будет менее, чем 70% от кадастровой стоимости, то отнимать 1 млн руб. надо будет от этих 70%.