Здравствуйте! Питбайк и так считается транспортным средством, НЕ предназначенным для использования на дорогах общего пользования, поэтому менять моторы можно свободно на любую кубатуру.
А вот если Ваш питбайк с ПТС - тогда тут сложнее, особенно если в ПТС вписан номер двигателя.
Касаемо регистрации самоделок - здесь у нас опыта не было.