Конечно. Фотон - всего лишь квант электромагнитного поля. Нет ни единой причины, по которой он бы не смог пройти сквозь "пустоту". К слову, оперировать подобным понятием бессмысленно, так как оно не играет никакой роли. Если ничего нет, значит нет. Если на фотон не будет оказываться никакого влияния(в том числе гравитационного), то он спокойно на скорости света будет лететь в своём направлении
В нашем материальном мире такой абсолютной пустоты не может быть. А если бы существовала такая мифическая пустота, то в ней не было бы ни каких полей, ни энергии, а значит и свет не мог бы распространяться.
Квант света это не волна и не частица.