Добрый день!
В данном случае есть три пути решения сложившейся ситуации:
Мирное урегулирование вопроса. Сотрудник возвращает телефон или компенсирует убытки в денежном эквиваленте;
Подача заявления в полицию по факту хищения (ст. 158 УК РФ);
Обращение с иском в суд о взыскании убытков или истребования из незаконного владения имущества.
Первый вариант самый быстрый и безболезненный, второй и третий займут приличное количество времени (от одного месяца до полугода) и возможно потребуют финансовых вложений (в том числе на госпошлину), которые могут быть взысканы с проигравшей стороны.