Если 1 доза Спутника была сделана 3 июля, то можно ли сейчас сделать 2 и получить сертификат? Или же надо начинать снова с первой?

Разумеется, спустя столько времени надо начинать с первой. Ревакцинацию делают спустя полгода, а у вас после первого компонента прошло почти столько же времени.