Здравствуйте, академический отпуск -действительно выход из ситуации.Можно будет потом восстановиться и спокойно учиться.
Или же не допускайте того чтобы вас забрали в армию.
Получите военный билет по болезни и тогда вопрос с армией будет вообще закрыт.Или же отсрочку от армии можно получить по иным обстоятельствам.
Если на очное обучение, то отсрочка будет, ежели на заочное, то проще сначала отслужить, а потом поступать, но если отучился уже курс и пришла повестка, то оформляйте академический отпуск и после службы на тот же курс восстановитесь.