Должен ли ИП платить налог 13% с продажи квартиры дороже чем купил (менее 5 лет в собственности)?

Александр, судя по тому, что вы выплачивали ипотеку вы приобретали квартиру как физическое лицо. Следовательно для вас все также как и для остальных людей необходимо заплатить налог в размере 13%.