Можно.
Вычет предоставляется тем людям, которые потратили деньги на покупку квартиры. Свои или кредитные - не важно.
Купив квартиру вы потратили деньги и стали ее собственником. Тот факт, что квартира передана в залог банку не имеет никакого значения. Вы остаетесь ее собственником и имеете право пользоваться вычетом.
Скажу больше. Право на вычет за вами сохраняется даже при условии, что эта квартира будет продана.