Да. Примерно так и было. Когда-то давным-давно, всего лишь 20 минут от Большого взрыва, завершился процесс первичного нуклеосинтеза. Во Вселенной были только водород и гелий. Прочее было в незначительных количествах. Но это были не атомы, а плазма, т.е. ядра отдельно, электроны отдельно. В таком состоянии Вселенная просуществовала еще 380 тыс. лет, пока не остыла. При остывании электроны заняли свои места возле ядер и образовались атомы.
Потом пошли звёзды первого, второго и третьего поколений, создававшие всё более тяжелые элементы, потом планеты, потом живые существа. При этом материя, физическая материя, использовалась не совсем одна и та же. В общей теории относительности масса, импульс и энергия могут переходить друг в друга, не нарушая определенные теоремы и соотношения. В Вашей формулировке это звучит - перерождается"/ изменяется/ эволюционирует. Например частицы обладающие высокой энергией, при столкновении могут образовать несколько совершенно других частиц. Общая масса-энергия за всю описанную мной историю Вселенной оставалась количественно неизменной, т.е. в Вашей формулировке - у неё ограниченное количество.
насколько я знаю, масса - это форма энергии
Нет. Масса это - мера инерции, мера гравитации и мера энергии, но не форма. Мне бы тоже хотелось бы, чтобы все частицы оказались бы особой формой энергии, заключенной в струнах, но к сожалению это пока не доказано, и в ближайшем будущем не ожидается.