Добрый день.
Да конечно можно удалить файлы с того диска, с которого не происходит загрузки операционной системы. Система запущена только с одного диска, нужно убедиться с какого именно, лишнее удалить. Если система использует какие либо файлы, то она просто не даст удалить эти файлы во время работы системы.