Да, если исключений не много, потому что правило без исключений - это аксиома. Однако все равно применяют это выражение не в тему, просто чтобы от них отстали. Пример из Лурка:
— Все птицы летают.
— Страусы не летают.
— Исключение только подтверждает правило.
В данном случае утверждение "Все птицы летают" буквально состоит из исключений: пингвины, страусы, куры и петухи, какапо, киви и т.д. То есть назвать это правилом с таким кол-во исключений будет в корне не верно.