Если собираетесь проехать автостопом 1000 км и это весь ваш маршрут, то ночевать нигде не нужно, доберетесь к 11-12 ночи в пункт назначения. Проходил такие маршруты неоднократно. Рассчитывайте среднюю скорость по трассе 50-60 км.
По теме. Если всё-таки придется ночевать на трассе, то тут есть варианты. Больше всего стоит опасаться не гопников, а диких животных, особенно голодных собак. Если собираетесь ставить палатку где-то в лесу, то это не лучшая идея, безопаснее будет запланировать заранее специальный кемпинг или снять комнату в мотеле. Спросите у дальнобоев, они знают хорошие места.
Если нет ни палатки, ни денег, опытные автостопщики советуют ложиться у дороги под ограждением. Желательно в спальник и на подстилку :) Там достаточно безопасно, хоть рядом и проезжают машины. Вас там не видно, и животные боятся подходить. Лично я так не делал, посоветовать не могу.
Моё максимальное путешествие автостопом длилось 40 часов, переночевал просто в пути. Если видите, что водитель надежный, то можно и поспать в машине.