Добрый день,
Помимо разного объёма памяти GTX 1060 6GB оказывается немного более производительной. Деталей не помню, но это тоже как-то связано с памятью.
Именно для видеомонтажа память особо не нужна (в отличии от рендеринга), поэтому думаю не стоит переплачивать за 6ГБ версию.
С другой стороны по цене GTX1060 3GB вы можете найти RX 570 4GB, а по цене GTX1060 6GB -- RX 570 8GB или даже RX 580 8GB. Обе эти видеокарты, в некоторых приложениях, могут дать большую производительность чем карты GeForce.
Предлагаю перед покупкой ещё раз внимательно изучить программы которые Вы используете работают с видеокартами разных производителей.
С рейтингом видеокарт можете познакомиться здесь