Как и везде, развитие карста в районе Ленских столбов обусловлено сочетанием трех основных факторов: наличием карстующихся пород (здесь, главным образом, палеозойские известняки), воды и достаточных перепадов высот для того, чтобы эта вода была проточной.
Однако, в отличие от территорий, например, Архангельской области и Пермского края, тоже сильно закарстованных, в районе Ленских столбов, практически повсеместно распространена многолетняя мерзлота. Карст здесь развивается за счет воздействия поверхностных (надмерзлотных), подмерзлотных и межмерзлотных вод.
В отличие от приповерхностных, подмерзлотные и межмерзлотные воды растворяют местные породы круглогодично. В слое сезонного протаивания к классическому карбонатному карсту добавляется еще и термокарст – образование поверхностных западин и воронок, вызванных вытаиванием мерзлоты.
Собственно Столбы представляют собой так называемый «голый карст». Он развивается под воздействием поверхностных вод в безморозный период и, особенно, в период таяния снега.
Возраст карста в бассейне Лены оценивается по-разному – от раннепалеозойского до современного.